In het rapport over de jaarrekening van 2019 stelde het Europarlement voorwaarden waar Frontex aan moet voldoen, waaronder het aanstellen van 20 inspecteurs die toezicht houden op fundamentele rechten bij operaties van Frontex. Dankzij een voorstel van GroenLinks werd destijds de extra voorwaarde toegevoegd dat Frontex niet mag meewerken met terugkeerbesluiten over asielzoekers van de Hongaarse autoriteiten omdat zij mensenrechten niet respecteren. Inmiddels is gebleken dat Frontex niet aan deze voorwaarden heeft voldaan. 

Daarnaast laat recent onderzoek van anti-fraudewaakhond OLAF zien dat Frontex ook in andere landen jarenlang structureel verzaakt heeft om de fundamentele rechten van vluchtelingen te beschermen. Bovendien heeft Frontex hierover het Europees Parlement en de Europese Commissie doelbewust misleid. Dit rekent het Europees Parlement het agentschap zwaar aan. 

Europarlementariër Tineke Strik leidde namens het Europees Parlement een onderzoek naar de betrokkenheid van Frontex bij het illegaal terugduwen van vluchtelingen. “Het bewijs dat Frontex onvoldoende toezicht houdt op de bescherming van mensenrechten aan de grens, blijft zich opstapelen. Ook het OLAF-onderzoek laat dit zien. De directeur van Frontex is dit voorjaar opgestapt. Maar met het afkeuren van de jaarrekening maakt Europees Parlement duidelijk dat de problemen daarmee nog niet opgelost zijn.”

Met een begroting van 754 miljoen euro in 2022, die bovendien de komende jaren nog verder zal toenemen, is Frontex veruit het grootste agentschap van de Europese Unie. Het Europees Parlement is als een van de twee begrotingsautoriteiten verantwoordelijk voor de controle op de uitgaven van Europees geld.